Der Landespräventionsrat ist im Innenministerium angebunden, wobei er im ressortübergreifenden Auftrag präventiv handelt. Den organisatorischen Rahmen dazu bilden die Kommission, die Geschäftsführung und die Arbeitsgruppen. Die Kommission setzt sich aus den Ministerinnen und Ministern für Inneres, Justiz, Bildung und Soziales des Landes Schleswig-Holstein zusammen. Der Landespräventionsrat erarbeitet Analysen, Stellungnahmen, Berichte und Handlungsempfehlungen zu diversen Schwerpunkten.
An den Landespräventionsrat ist das Landesdemokratiezentrum Schleswig-Holstein angebunden, das Maßnahmen zur Extremismusprävention und zur Demokratieförderung bündelt.