Die Kernaufgaben des Geschäftsbereichs 2 bestehen in der Diagnostik von Infektionskrankheiten bei Tieren und in der Bestimmung von Krankheits- und Verderbniserregern in Lebensmitteln. Die gemeinsame Schnittmenge bilden die Zoonosen -  Infektionskrankheiten, die zwischen Menschen und Tieren übertragbar sind. Der Geschäftsbereich ist in drei Fachbereiche (FB) mit folgenden Schwerpunkten organisiert: der Bearbeitung von umfangreichen Probenzahlen zur Überwachung der Freiheit von Tierseuchen (FB21), dem Nachweis von Tierseuchenerregern und Krankheitsursachen einschließlich pathologischer Untersuchungen (FB22), und der mikrobiologischen Untersuchung von Lebensmitteln und Schlachthofproben (FB23). Damit leistet der Geschäftsbereich einen wesentlichen Beitrag zur Tiergesundheit und zum gesundheitlichen Verbraucherschutz in Schleswig-Holstein.

Weitere Betätigungsfelder im GeB2 sind unter anderem die Untersuchung von Tierschutzfällen und potenziellen Wolfsrissen im Bereich Pathologie, die Untersuchung von Lebensmitteln, Futtermitteln und Saatgut auf gentechnische Veränderungen, sowie weitergehende molekulargenetische Analysen einschließlich der Nutzung von Next Generation Sequencing (NGS). Untersuchungen zur Tiergesundheit werden auch als privatwirtschaftliche Untersuchungen angeboten und können von Tierärzten und Tierhaltern in Anspruch genommen werden.