Das Amtsgericht Niebüll ist mit Wirkung zum 01.09.1867 eingerichtet worden („Verfügung vom 06. August 1867, betreffend die Einrichtung der nach der Allerhöchsten Verordnung vom 26. Juni d. J. in den Herzogthümern Schleswig und Holstein zu bildenden neuen Gerichte“). Es führte von 1867 bis 1918 die Bezeichnung „Königlich-Preußisches Amtsgericht“ und danach bis März 1935 die Bezeichnung „Preußisches Amtsgericht“. Dabei ließ sich die Justiz mit der Umbenennung Zeit: Am Gerichtsgebäude, seit dem 01.10.1879 an der Hauptstraße gegenüber dem Rathaus gelegen, wurde das Präfix „Königlich-“ erst im Frühjahr 1920 entfernt; im Dienstsiegel sogar erst 1921.
Im „Dritten Reich“ wurde die Justizhoheit der Länder mit Wirkung zum 01.04.1935 auf das Deutsche Reich übertragen und das Gericht wurde zum schlichten „Amtsgericht“. Während des Zweiten Weltkriegs wurde das Amtsgericht Niebüll 1943 aufgelöst und sein Bezirk dem Amtsgericht Leck zugeschlagen. Unter britischer Besatzung wurde das Amtsgericht Niebüll am 22.12.1945 wiedereröffnet.
Das alte Gerichtsgebäude an der Hauptstraße wurde bald zu klein. 1961 wurde ein Neubau beim Finanzministerium angemeldet; 2 Jahre später fand sich auch ein passendes Grundstück, jedoch fehlte das Geld. Ab 1969 wurde die Gerichtsreform geplant, die schließlich dazu führte, dass die Amtsgerichte Westerland auf Sylt, Wyk auf Föhr und Leck aufgelöst und deren Bezirke mit Wirkung zum 01.01.1974 dem Amtsgericht Niebüll zugeschlagen worden sind. Die Planungen mussten angepasst werden und nach einem guten Jahr Bauzeit konnte das heutige Gebäude am 22.03.1974 der Justiz übergeben werden.
Bei seiner Einrichtung 1867 umfasste der Gerichtsbezirk des Amtsgerichts die Kirchspiele Niebüll, Deezbüll, Risum-Lindholm, Fahretoft, Dagebüll, Enge, Stedesand, die beiden Christian-Albrechts-Köge, den Kleiseerkoog, den Marienkoog und den Juliane-Marien-Koog. Dem lag die Überlegung zugrunde, dass ein Amtsgericht für etwa 10.000 Einwohner zuständig sein sollte.
Nach dem Ersten Weltkrieg fiel Tondern an Dänemark. Ein flächenmäßig kleiner Kreis Südtondern blieb deutsch. Deshalb wurden die Gemeinden Rodenäs und Aventoft aus dem Gerichtssprengel Tondern abgetrennt und dem Amtsgericht Niebüll zugeschlagen.
Der jetzige Gerichtsbezirk besteht seit dem 01.01.1974. Seitdem ist das Amtsgericht Niebüll das zentrale Eingangsgericht für den nördlichen Teil des Kreises Nordfriesland einschließlich der nordfriesischen Inseln und für aktuell knapp 70.000 Einwohner zuständig.