Rund 50 Institutionen sind von der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie mehr oder weniger betroffen und werden von der Landesregierung regelmäßig informiert. Dazu dienen unter anderem die drei Flussgebietsbeiräte Eider, Schlei/Trave und Elbe, zu denen halbjährlich eingeladen wird.

Etwa ein Dutzend Verbände beteiligt sich aktiv mit Vertreterinnen und Vertretern in den verschiedenen Arbeitsgruppen der Bearbeitungsgebiete und arbeiten dort mit den Behörden des Landes zusammen.

Institutionen, die in den Flussgebietsbeiräten vertreten sind:

• Arbeitsgemeinschaft der kommunalen Landesverbände des Landes Schleswig-Holstein
• Arbeitskreis Historische Kulturlandschaften
• Archäologisches Landesamt Schleswig-Holstein
• Bauernverband Schl.-H. e.V.
• BGW Bundesverband der Deutschen Gas- und Wasserwirtschaft e.V. Deutscher Verband des Gas- und Wasserfaches e.V. (DVGW) Landesgruppe Schl.-H./Hamburg
• Bund deutscher Baumschulen BdB Landesverband Schleswig-Holstein
• Bund Deutscher Landschaftsarchitekten Landesgruppe SH
• Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland Landesverband Schl.-H. e.V.
• Industrie - und Handelskammern in Schleswig-Holstein
• Landesamt für den Nationalpark "Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer"
• Landesamt für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume Schleswig-Holstein
• Landes-Kanu-Verband Schleswig-Holstein e.V.
• Landesnaturschutzverband Schl.-H. e.V.
• Landesrechnungshof Schleswig-Holstein
• Landessportfischerverband Schl.-H. e.V.
• Landessportverband Schl.-H. e.V.
• Landesverband der Wasser- und Bodenverbände Schl.-H.
• Landesverband für Ökolandbau Schl.-H., Hamburg und Mecklenburg-Vorpommern e.V.
• Landesvereinigung der Erzeugerorganisationen für Nordseekrabben und Küstenfischer an der schleswig-holsteinischen Westküste e.V.
• Landwirtschaftskammer Schleswig-Holstein
• Ministerium für Landwirtschaft, Umwelt und ländliche Räume SH als oberste Forstbehörde und die Forstämter
• Motoryacht-Verband Schleswig-Holstein
• NABU Institut für Vogelschutz Bergenhusen
• NABU Naturschutzbund Deutschland Landesverband Schleswig-Holstein e.V.
• NABU SH Naturzentrum Katinger Watt
• Nordelbisches Kirchenamt
• Schleswig-Holsteinischer Heimatbund
• Schleswig-Holsteinischer Waldbesitzerverband e.V.
• Schutzgemeinschaft Deutscher Wald Landesverband SH e.V.
• Segler-Verband Schleswig-Holstein
• Staatliche Umweltämter
• V D L Berufsverband Agrar, Ernährung, Umwelt e.V.
• Verband der Binnenfischer und Teichwirte in Schl.-H.
• Verband der Chemischen Industrie (VCI)
• Verein Jordsand zum Schutz der Seevögel und der Natur e.V.
• Vereinigung der Unternehmensverbände in Hamburg und Schl.-H. e.V.
• Versuchs- und Beratungsring für Baumschulen Schl.-H. e.V.
• VKU Verband kommunaler Unternehmen Landesgruppe Schl.-H., HH/ MV
• Wasser Otter Mensch e.V.
• Wasser- und Schifffahrtsämter Kiel-Holtenau, Brunsbüttel, Hamburg, Lübeck, Tönning und Lauenburg
• Wasser- und Schifffahrtsdirektion Nord
• Wasser- und Schifffahrtsdirektion Ost
• WWF Deutschland Umweltstiftung, Projektbüro Wattenmeer
• WWF Deutschland, FB Binnenl. Feuchtgebiete