Die FFH- und die Vogelschutz-Richtlinie der Europäischen Union sehen die Errichtung sog. FFH- und Vogelschutzgebiete vor. Gemeinsam bilden diese Gebiete das europäische Schutzgebietsnetz Natura 2000, das zur Erhaltung der natürlichen Lebensräume und gefährdeten wildlebenden Tiere und Pflanzen in den Mitgliedsländern der Gemeinschaft beitragen soll.
Das schleswig-holsteinische Wattenmeer wurde 1996 erstmals als FFH-Gebiet gemeldet und ist als Gebiet Gemeinschaftlicher Bedeutung DE-0916-391 „Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer und angrenzende Küstengebiete“ anerkannt. Auf Grund der Größe des Gebietes und der unterschiedlichen geomorphologischen Eigenschaften gliedert sich das FFH-Gebiet in drei Teilgebiete, zu denen auch ein Großteil der Halligen gehört:
Das übergeordnete Ziel für das FFH-Gebiet „Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer und angrenzende Küstengebiete“ und seine Teilgebiete lautet: „Das Wattenmeer einschließlich bestimmter angrenzender Offshore- Bereiche ist als ein durch den ständigen Wechsel zwischen Ebbe und Flut geprägter Übergangsbereich vom Land zum Meer in den überwiegenden Teilen vorrangig durch Gewährleistung ungestörter Abläufe der Naturvorgänge, insbesondere auch als Lebensraum für Seehunde, Kegelrobben und Schweinswale sowie Rundmäuler und mehrere Fischarten zu erhalten.“
Weitere gebietsspezifische Erhaltungszielewurden durch das Umweltministerium Schleswig-Holstein 2016 neu festgelegt, die hier zu finden sind:
www.umweltdaten.landsh.de/public/natura/pdf/erhaltungsziele/DE-0916-391.pdf
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