Während früher Speisemuscheln überwiegend gefischt bzw. gesammelt wurden, überwiegt heute in Schleswig-Holstein die Zucht. Muscheln unterliegen in den Küstengewässern – anders als Fische – nicht dem freien Fischfang, für ihre Nutzung ist eine spezielle fischereirechtliche Erlaubnis des Landes notwendig.
Das traditionelle Kerngebiet der Muschelfischerei sowie der Zucht in Schleswig-Holstein ist das Wattenmeer entlang der Westküste – heute Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer. Die hier gezüchteten Miesmuscheln sind über die Landesgrenzen hinweg bekannt. Die Zucht findet nach dem sogenannten Bodenkulturverfahren statt. Daneben gibt es auf Sylt noch den einzigen Austernzuchtbetrieb in Deutschland.
Um eine nachhaltige und mit den Zielen des Nationalparks in Einklang stehende Muschelzucht und -fischerei sicher zu stellen, erfolgt die Muschelnutzung im Nationalpark seit 1997 auf der Grundlage des Programms zur Bewirtschaftung der Muschelressourcen im Nationalpark Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer. Es wird regelmäßig überarbeitet und an veränderte rechtliche oder natürliche Rahmenbedingungen angepasst. Die letzte Neufassung erfolgte am 31. März 2017. Nach dem Programm und aufgrund der rechtlichen Regelungen im Nationalpark- und Landesfischereigesetz sind beispielsweise große Teile des Nationalparks für jegliche Muschelnutzung gesperrt.
Kennzeichnend für die Miesmuschelwirtschaft waren in der Vergangenheit die stark schwankenden Erträge. Während die Muschelwirtschaft in guten Jahren sowohl hinsichtlich der Erzeugungsmengen als auch der Umsätze den größten Sektor innerhalb der schleswig-holsteinischen fischereilichen Urproduktion noch vor der Krabbenfischerei darstellt, gab es auch immer wieder schlechte Jahre. Grund dafür waren stark schwankende und zumindest in jüngerer Zeit insgesamt zurückgehende Besatzmuschelmengen zur Belegung der Kulturen. Um sich von den natürlichen Schwankungen bei den Besatzmuscheln unabhängig zu machen, investiert die Muschelwirtschaft seit einigen Jahren in größerem Umfang in alternative Verfahren zur Besatzmuschelgewinnung, die sogenannten Saatmuschelgewinnungsanlagen. Die Erfahrungen stimmen hoffnungsfroh, so dass die Muschelwirtschaft insgesamt positiv in die Zukunft blicken kann.
