Für die drei Flussgebietseinheiten wurde jeweils ein Flussgebietsbeirat eingerichtet, der den Umsetzungsprozess der Wasserrahmenrichtlinie begleitet. In diesen Beiräten treffen sich die verschiedenen Interessen- und Verbandsvertreter aus Wirtschaft, Landwirtschaft und Naturschutz. Sie werden auf den halbjährlich stattfindenden Beiratssitzungen vom Umwelt- und Landwirtschaftsministerium sowie den Teilprojektleitern über den aktuellen Stand der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie informiert. Umgekehrt können sie ihre Vorstellungen zur Umsetzung vorbringen oder Anregungen und Bedenken gegenüber den ausführenden Behörden äußern.

Auf der Grundlage des erhobenen Datenmaterials werden geplante Maßnahmen für die Flussgebietseinheiten kritisch und konsensorientiert mit dem Umwelt- und Landwirtschaftsministerium diskutiert.

Institutionen, die in den Flussgebietsbeiräten vertreten sind

• Ämter für ländliche Räume
• Arbeitsgemeinschaft der kommunalen Landesverbände des Landes Schleswig-Holstein
• Arbeitskreis Historische Kulturlandschaften
• Archäologisches Landesamt Schleswig-Holstein
• Bauernverband Schl.-H. e.V.
• BGW Bundesverband der Deutschen Gas- und Wasserwirtschaft e.V. Deutscher Verband des Gas- und Wasserfaches e.V. (DVGW) Landesgruppe Schl.-H./Hamburg
• Bund deutscher Baumschulen BdB Landesverband Schleswig-Holstein
• Bund Deutscher Landschaftsarchitekten Landesgruppe SH
• Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland Landesverband Schl.-H. e.V.
• Industrie - und Handelskammern in Schleswig-Holstein
• Landesamt für den Nationalpark "Schleswig-Holsteinisches Wattenmeer"
• Landesamt für Natur und Umwelt Schleswig-Holstein
• Landes-Kanu-Verband Schleswig-Holstein e.V.
• Landesnaturschutzverband Schl.-H. e.V.
• Landesrechnungshof Schleswig-Holstein
• Landessportfischerverband Schl.-H. e.V.
• Landessportverband Schl.-H. e.V.
• Landesverband der Wasser- und Bodenverbände Schl.-H.
• Landesverband für Ökolandbau Schl.-H., Hamburg und Mecklenburg-Vorpommern e.V.
• Landesvereinigung der Erzeugerorganisationen für Nordseekrabben und Küstenfischer an der schleswig-holsteinischen Westküste e.V.
• Landwirtschaftskammer Schleswig-Holstein
• Ministerium für Energiewende, Landwirtschaft, Umwelt, Natur und Digitalisierung SH als oberste Forstbehörde und die Forstämter
• Motoryacht-Verband Schleswig-Holstein
• NABU Institut für Vogelschutz Bergenhusen
• NABU Naturschutzbund Deutschland Landesverband Schleswig-Holstein e.V.
• NABU SH Naturzentrum Katinger Watt
• Nordelbisches Kirchenamt
• Schleswig-Holsteinischer Heimatbund
• Schleswig-Holsteinischer Waldbesitzerverband e.V.
• Schutzgemeinschaft Deutscher Wald Landesverband SH e.V.
• Segler-Verband Schleswig-Holstein
• Staatliche Umweltämter
• V D L Berufsverband Agrar, Ernährung, Umwelt e.V.
• Verband der Binnenfischer und Teichwirte in Schl.-H.
• Verband der Chemischen Industrie (VCI)
• Verein Jordsand zum Schutz der Seevögel und der Natur e.V.
• Vereinigung der Unternehmensverbände in Hamburg und Schl.-H. e.V.
• Versuchs- und Beratungsring für Baumschulen Schl.-H. e.V.
• VKU Verband kommunaler Unternehmen Landesgruppe Schl.-H., HH/ MV
• Wasser Otter Mensch e.V.
• Wasser- und Schifffahrtsämter Kiel-Holtenau, Brunsbüttel, Hamburg, Lübeck, Tönning und Lauenburg
• Wasser- und Schifffahrtsdirektion Nord
• Wasser- und Schifffahrtsdirektion Ost
• WWF Deutschland Umweltstiftung, Projektbüro Wattenmeer
• WWF Deutschland, FB Binnenl. Feuchtgebiete