Es gibt derzeit insgesamt 319 Messstellen in den verschiedenen Messnetzen des Landes, in denen die Grundwasserbeschaffenheit überwacht wird.
Die 309 Messstellen der Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) wurden im Jahr 2005 zu einem landesweiten Messnetz zusammengestellt. 236 Messstellen befinden sich im oberen Hauptgrundwasserleiter und 73 in tiefen Grundwasserkörpern. Sie sind repräsentativ verteilt hinsichtlich der hydrogeologischen Aspekte. Berücksichtigt werden dabei insbesondere die Anteile vorhandener Deckschichten wie Ton, Schluff und Geschiebemergel im Boden. Außerdem hängt der Standort der Messstellen von der jeweiligen Flächennutzung ab. So entspricht die Verteilung der Messstellen in Wald, Siedlung, Acker und Grünland in den gefährdeten Grundwasserkörpern auch dem jeweiligen Flächenanteil dieser Nutzungen in Schleswig-Holstein.
Die Tiefe der Messstellen im oberen Grundwasserleiter variiert je nach hydrogeologischen Gegebenheiten zwischen 2,5 und 71 Metern unter Gelände, wobei etwa zwei Drittel der Messstellen Tiefen zwischen 2,5 und 20 Metern unter Gelände aufweisen. Die Messstellen in den tiefen Grundwasserkörpern liegen im Mittel bei 200 Metern unter Gelände.
Das Messnetz der Europäischen Umweltagentur (EUA) ist ein bundesweites Messnetz, dessen Daten zentral an die Europäische Umweltagentur geliefert werden. Dieses Messnetz ist 2015/2016 überarbeitet worden. Es wurde von bundesweit etwa 800 auf jetzt rund 1.200 Messstellen erweitert. In Schleswig-Holstein gehören 53 Messstellen zu dem EUA-Messnetz. 43 Messstellen des EUA-Messnetzes sind auch Bestandteil des WRRL-Messnetzes zur chemischen Überwachung.
Das EU-Nitrat-Messnetz ist ein Teil des EUA-Messnetzes. Das alte EU-Nitratmessnetz umfasste für den Nitrat Bericht 2012 bundesweit noch 162 Messstellen (von ursprünglich 186). Das neue EU-Nitratmessnetz umfasst bundesweit aktuell rund 700 Messstellen, das Teilmessnetz Schleswig-Holstein 40 Messstellen. Die Tiefen dieser Messstellen liegen im Mittel bei 8,20 bis 11,20 Meter unter Geländeoberkante.
Das Konzept des neuen EUA-/ EU-Nitratmessnetzes kann im Detail im Nitratbericht 2016 nachgelesen werden.
Das neue Ausweisungsmessnetz zur Ermittlung der mit Nitrat belasteten Gebiete wurde in den Grundwasserkörpern definiert, in denen mindestens eine Grundwassermessstelle eine Überschreitung des Nitratgehaltes von 50 Milligramm pro Liter aufweist. Es wurde im Wesentlichen aus den bestehenden Messnetzen zusammengestellt, die die Anforderungen nach der Verwaltungsvorschrift erfüllen. An Stellen, an denen die Informationen noch lückenhaft waren, wurden neue Messstellen hinzugezogen. Aktuell besteht das Ausweisungsmessnetz aus 225 Messstellen, davon 50 neue Messstellen.