Unter Aquakultur wurde traditionell nur die klassische Fischzucht in Teichen, Durchflussanlagen und Netzgehegen verstanden. Für Schleswig-Holstein war und ist hier insbesondere die Karpfen- und Forellenproduktion von Bedeutung, der sich nach wie vor eine Reihe von Haupterwerbsbetrieben widmet. Andere Arten wie beispielsweise Störe oder Krebse werden ebenfalls in Erwerbsteichwirtschaften gehalten. Auch die Fischproduktion in Netzgehegen spielt in Schleswig-Holstein eine gewisse Rolle, so gibt es derartige Anlagen zur Forellenproduktion beispielsweise im Nord-Ostsee-Kanal und in der Kieler Förde. Auch die Muschelkulturwirtschaft zählt zur Aquakultur. Sowohl hinsichtlich der Produktionsmengen als auch der Erlöse ist die Muschelwirtschaft an der Nordseeküste der mit Abstand bedeutendste Zweig der Aquakultur in Schleswig-Holstein. Ferner zählen auch die Produktion von Mikro- und Makroalgen beispielsweise in Tanks oder Bioreaktoren zur Aquakultur.
Unter moderner Aquakultur wird heute eine Vielzahl unterschiedlicher Produktionsmethoden und Zielorganismen verstanden. Dazu zählt auch die Produktion von Fischen und Krebstieren in sogenannten Kreislaufanlagen, die weitgehend standortunabhängig errichtet werden können. Trotz vieler Vorteile der Kreislaufanlagen hinsichtlich des Wasserbedarfs und der geringen Umweltauswirkungen stellt eine dauerhaft rentable Produktion wegen sehr hoher Investitions- und Betriebskosten oft eine Herausforderung dar.
Hervorzuheben ist ferner die breit aufgestellte Aquakulturforschung im Land Schleswig-Holstein. Zu nennen sind hier vor allem die Fraunhofer-Einrichtung für Individualisierte und Zellbasierte Medizintechnik IMTE in Lübeck mit ihrer Außenstelle, der Gesellschaft für Marine Aquakultur (GMA) in Büsum, der Lehrstuhl für Marine Aquakultur an der Christian-Albrechts-Universität zu Kiel und auch das GEOMAR in Kiel.
