Um Genehmigungsverfahren zu beschleunigen, ist die Eingriffsregelung im besiedelten Bereich nicht im einzelnen Baugenehmigungsverfahren anzuwenden, sondern wurde auf die Ebene des Bebauungsplans verlagert. Das bedeutet, dass - außer im Außenbereich nach § 35 BauGB - die Eingriffsregelung bereits bei Aufstellung und Änderung eines Bebauungsplanes als Teil der bauleitplanerischen Abwägung anzuwenden ist. Damit soll sichergestellt werden, dass die Belange des Naturschutzes bei der Verwirklichung einzelner Bauvorhaben berücksichtigt werden. Die dabei notwendigen Kompensationsmaßnahmen werden im Benehmen mit der zuständigen Naturschutzbehörde im Bebauungsplan verbindlich festgesetzt. Dies wird als „Huckepack-Verfahren“ bezeichnet.
Damit ist die Eingriffsregelung in der Bauleitplanung Teil der städtebauordnerischen Gesamtabwägung. Der erforderliche Ausgleich wird in das Gesamtkonzept mit eingebunden.
In den Fällen des § 35 BauGB wird die Eingriffsregelung im einzelnen Genehmigungsverfahren berücksichtigt.
Die Anwendung der naturschutzrechtlichen Eingriffsregelung in der Bauleitplanung stellte die Naturschutzbehörden, aber auch die Planungsträger und die Planer, anfangs vor eine Reihe besonderer fachlicher, methodischer und verfahrensmäßiger Herausforderungen. Daher haben das Innenministerium sowie das (damalige) Ministerium für Umwelt, Natur und Forsten 1998 einen gemeinsamen Runderlass herausgegeben, der eine angemessene Umsetzung der gesetzlichen Vorgaben in der Bauleitplanung regelt. Dieser Erlass sowie die ergänzenden Hinweise können hier eingesehen werden.
